在微生物学研究中，细菌基因组分析帮助科学家揭示细菌的演化历史和分布模式，为了解细菌的生态学特征和功能提供了关键信息通过比较不同细菌基因组序列，研究者可以追踪细菌的遗传变异，从而探讨细菌的演化路径和适应性策略这些知识对于预测和控制细菌性疾病具有重要意义公共卫生领域也受益于细菌基因组分析。
了解与人类息息相关的微生物，有助于更好的了解人类自己 对人类疾病预防有益，对许多重大问题都有借鉴作用 微生物与“人类基因组计划”微生物起到了先行的模式生物的作用，加快了人类基因组计划的进展微生物基因组学研究将全面展开与其相关的微生物学研究将获得长足发展微生物生命现象的特性和共性。
增强免疫力另一方面，针对特定疾病的微生物靶点开发药物，如利用噬菌体治疗细菌感染等微生物还可以作为药物载体，更精准地将药物输送到病变部位微生物组研究在医药行业的发展前景广阔随着技术的不断进步，对微生物组的认识会更加深入，有望为医药领域带来更多创新成果，改善人类健康。
人体内微生物细胞的数量是人体内细胞数量的10倍，初步的研究显示其所含基因数目的总和是人类基因组所含基因数目总和的100倍但是，由于传统微生物学研究方法的局限，对生活在自己体内的95%以上的微生物没有任何研究数据人类微生物组研究最终将帮助人类在健康评估与监测新药研发和个体化用药，以及慢性病。
微生物与人类密不可分，它们在人类的消化疾病预防和环境保护等方面起着至关重要的作用然而，一些微生物可能对人类和环境造成严重危害，因此微生物学的研究对于人类健康和福祉至关重要微生物在人类的消化过程中扮演着至关重要的角色，通过将复杂的食物分子分解成更小的分子，以便人体吸收这一过程由。
